Package 'pmeasyr'

Description

Supprime les fichiers de l'archive PMSI dezippes en debut de traitement

Usage

adelete(finess, annee, mois, path, liste, type, ...)

Arguments

Author(s)

G. Pressiat

See Also

adezip, adezip2, astat, utiliser un noyau de parametres avec noyau_pmeasyr

Examples

## Not run: 
   adelete('750712184',2016,2, path = '~/Exemple',  liste = c("rss","ano"), type = "in")
   
   adelete('750712184',2016,2, path = '~/Exemple')

## End(Not run)

Description

Recherche et dezippe (décompresse) les fichiers contenus dans une archive *.in ou *.out du PMSI en fonction de parametres.

Usage

adezip(...)

## S3 method for class 'pm_param'
adezip(.params, ...)

## Default S3 method:
adezip(
  finess,
  annee,
  mois,
  path,
  liste = NULL,
  pathto = path,
  type = "in",
  recent = TRUE,
  nom_archive = NULL,
  quiet = FALSE,
  ...
)

Arguments

Details

Il est possible de passer directement les paramètres permettant d'identifier l'archive à dézipper (méthode par défaut) ou à l'aide de paramètres enregistrés dans un noyau de paramètres (voir fonction noyau_pmeasyr).

Value

Les chemins d'accès des fichiers décompressés, de manière invisible.

Author(s)

G. Pressiat

See Also

adezip2, astat, adelete, utiliser un noyau de parametres avec noyau_pmeasyr

utils::unzip()

Examples

## Not run: 
# Chemin vers un dossier temporaire
tmp_dir <- tempdir()

# Chemin vers un dossier contenant des archives simulées
dossier_archives <- system.file("extdata", "test_data", "test_adezip", package = "pmeasyr")

# Décompresser en fonction du finess, année et mois du 
# fichier med d'une archive out
 adezip('123456789', 2016, 2, 
        path = dossier_archives,
        liste = 'med',
        pathto = tmp_dir,
        type = "out")
 
dir(tmp_dir)

# Décompresser plusieurs types de fichiers d'une archive in
 adezip('123456789', 2016, 2, 
        path = dossier_archives,
        liste = c('med','rapss', 'ano'),
        pathto = tmp_dir,
        type = "in")
        
dir(tmp_dir)

# Utilisation avec un noyau de paramtères
p <- noyau_pmeasyr(
       finess = '123456789',
       annee  = 2016,
       mois   = 12,
       path   = dossier_archives,
       progress = FALSE
       )

adezip(p, type = "in", pathto = tmp_dir)
dir(tmp_dir)
# Modification d'un paramètre du noyau
adezip(p, mois = 11, type = "in",  pathto = tmp_dir)
dir(tmp_dir)

# Pour une même période (année/mois), il peut y avoir plusieurs archives si 
# il y a eu plusieurs envois. Par exemple il y a deux version de l'archive
# out pour la période 2017.10 dans notre exemple simulé
dir(dossier_archives, pattern = "2017\\.10.*out\\.zip")

 # Lorsque l'arguement `recent` est `TRUE` alors la fonction adezip 
 # sélectionne automatiquement l'archive la plus récente
 adezip(123456789, 2017, 10,
        path = dossier_archives,
        liste = 'med',
        pathto = tmp_dir,
        type = "out") 
 dir(tmp_dir, pattern = "med")
 
## End(Not run)
 
 # Si l'arguement `recent` est `FALSE` alors l'utilisateur est invité
 # à choisir
 ## Not run: 
 adezip(123456789, 2017, 10,
        path = dossier_archives,
        liste = 'rsa',
        pathto = tmp_dir,
        recent = FALSE,
        type = "out")
 dir(tmp_dir, pattern = "rsa")
 
## End(Not run)

# Dézipper les logs
## Not run: 
adezip(p, type = "out", liste = c('chainage.log', 'comp.log', 'log'))

## End(Not run)

Description

Alternative à la fonction adezip(), si on connait precisement l'archive que l'on veut utiliser.

Usage

adezip2(path, file, liste = "", pathto = "")

Arguments

Details

adezip2 est un simple wrapper autour de la fonction adzip.default. Cette fonction est dépréciée. En utilisant le paramètre nom_archive avec la fonciton adezip() on obtient le même résultat.

Author(s)

G. Pressiat

See Also

adezip, astat, adelete

Examples

# Chemin vers un dossier temporaire
tmp_dir <- tempdir()

# Chemin vers un dossier contenant des archives simulées
dossier_archives <- system.file("extdata", "test_data", "test_adezip", package = "pmeasyr")

# Décompresser en fonction du finess, année et mois du 
# fichier med d'une archive out
 adezip2(path = dossier_archives,
         file = "123456789.2017.7.21082017091715.out.zip",
         liste = 'med',
         pathto = tmp_dir)
 
dir(tmp_dir, pattern = "2017\\.7.*med")

Description

Version de la fonction adezip2 pour des archives au format Intranet du DIM Siege de l'AP-HP, http://dime.aphp.fr/.

Usage

adezip3(finess, path, file, liste = "", pathto = "")

Arguments

Author(s)

G. Pressiat

See Also

adezip2, adezip, astat, adelete

Examples

## Not run: 
    # Fichier ano
    adezip3(path = '~/Downloads',
            file = 'MCO_IN_00000_201603.zip',
            liste = 'ano')

    # Totalité de l'archive
    adezip3(path = '~/Downloads',
            file = 'MCO_IN_00000_201603.zip',
            liste = '')

## End(Not run)

Description

~ ANA - Chirurgie ambulatoire : 55 gestes marqueurs

Usage

ana_r_ca_gestes_marqueurs(
  p,
  periode = list(an = 2018, moi = 12),
  gestes_marqueurs
)

Arguments

Value

Taux de chirurgie ambulatoire et DMS > 0 nuit des gestes marqueurs par finess géographique

Examples

## Not run: 

library(dplyr, warn.conflicts = FALSE)
library(pmeasyr)

p <- noyau_pmeasyr(finess = '290000017',
                   annee  = 2018,
                   mois   = 12,
                   path   = '~/Documents/data/mco', 
                   tolower_names = TRUE,
                   n_max = Inf)


library(nomensland)

dicts <- get_dictionnaire_listes()
lgm <- get_all_listes('Chir ambu : 55 GM')

periodes <- list(
  list(an = 2013, moi = 12),
  list(an = 2014, moi = 12),
  list(an = 2015, moi = 12),
  list(an = 2016, moi = 12),
  list(an = 2017, moi = 12),
  list(an = 2018, moi = 12),
  list(an = 2019, moi = 11))

result <- periodes %>% purrr::map_dfr(ana_r_ca_gestes_marqueurs, p = p, gestes_marqueurs = lgm)
result <- result %>% arrange(`Geste marqueur`, `Période`)

pivot_result <- result %>% 
  select(`Geste marqueur`, nofiness, taux_ambu, `Nb total`, `Période`) %>% 
  mutate(stat = paste0(scales::percent(taux_ambu), ' (', `Nb total`, ')')) %>% 
  select(-taux_ambu, - `Nb total`) %>% 
  tidyr::spread(`Période`, stat, '')


## End(Not run)

Description

~ ANA - Analyse des taux ambulatoires et DMS sur un périmètre GHM à définir

Usage

ana_r_ghm_ambu_dms(p, periode = list(an = 2018, moi = 12), requete)

Arguments

Value

Taux ambulatoire et DMS > 0 nuit par finess géographique, au globa, par racine et par DA

Examples

## Not run: 

library(dplyr, warn.conflicts = FALSE)
library(pmeasyr)

p <- noyau_pmeasyr(finess = '290000017',
                   annee  = 2018,
                   mois   = 12,
                   path   = '~/Documents/data/mco', 
                   tolower_names = TRUE,
                   n_max = Inf)


library(nomensland)

ghmc_7r <- get_liste('chir_ambu_ghm_C_7_racines')

periodes <- list(
  list(an = 2013, moi = 12),
  list(an = 2014, moi = 12),
  list(an = 2015, moi = 12),
  list(an = 2016, moi = 12),
  list(an = 2017, moi = 12),
  list(an = 2018, moi = 12),
  list(an = 2019, moi = 11))

result <- periodes %>% purrr::map_dfr(ana_r_ghm_ambu_dms, p = p, requete = ghmc_7r)
result <- result %>% arrange(niveau, Requete, `Période`)


pivot_result <- result %>% 
  select(niveau, Requete, nofiness, taux_ambu, `Nb total`, `Période`) %>% 
  mutate(stat = paste0(scales::percent(taux_ambu), ' (', `Nb total`, ')')) %>% 
  select(-taux_ambu, - `Nb total`) %>% 
  tidyr::spread(`Période`, stat, '')


ghmk <- list(nom = 'GHM K', rsatype = 'K', Thematique = 'GHM K', abrege = 'ghmk')

lancer_requete(rsa, ghmk)



## End(Not run)

Description

Pour lister sans dezipper les fichiers d'une archive.

Usage

astat(path, file, view = TRUE)

Arguments

Value

Une data.frame contenant les colonnes :

• Name Nom du fichier

• Date Date de modification

• Taille (Mo)

Author(s)

G. Pressiat

See Also

adezip() et adezip2() permettent de décompresser les fichiers. Cette fonction est basée sur utils::unzip() en utilisant l'argument list = TRUE

Examples

## Not run: 
test_files_dir <- system.file("extdata", "test_data", "test_adezip", package = "pmeasyr")
astat(path = test_files_dir, file = "123456789.2016.2.15032016152413.in.zip", view = FALSE)

## End(Not run)

Description

On selectionne certaines variables et on en cree d'autres utiles lors de l'execution de la requete

Usage

collect_rsa_from_db(con, an, n = Inf)

Arguments

Value

un liste rsa similaire à un import de pmeasyr

Author(s)

G. Pressiat

Examples

## Not run: 
rsa <- collect_rsa_from_db(con, 16, n = 1e5)

## End(Not run)

Description

On selectionne certaines variables et on en cree d'autres utiles lors de l'execution de la requete

Usage

creer_json(requete, chemin)

Arguments

Value

un objet de classe rsa de pmeasyr

Author(s)

G. Pressiat

Examples

## Not run: 
liste = list(nom_abrege = "pac",
             thematique = "test",
             actes = c('EBLA003', 'EQLF002'),
             dureemax = 0,
             auteur = "John Doe",
             date_saisie = "1960-01-01")
creer_json(liste, paste0('~/Documents/listes/', liste$nom_abrege, '.json'))

## End(Not run)

Description

Copier une table R dans une db

Copier une table R dans une db

Usage

db_generique(con, an, table, prefix, suffix, indexes = list(), remove = T)

db_generique(con, an, table, prefix, suffix, indexes = list(), remove = T)

Arguments

Details

La tables déjà importée dans R est copiée dans la db

La tables déjà importée dans R est copiée dans la db

Value

nothing

nothing

Examples

## Not run: 
purrr::quietly(db_generique)(con, 16, ma_table, 'had', 'rapss_ano') -> statuts ; gc(); #
# Result in db : had_16_rapss_ano

## End(Not run)
## Not run: 
purrr::quietly(db_generique)(con, 16, ma_table, 'had', 'rapss_ano') -> statuts ; gc(); #
# Result in db : had_16_rapss_ano

## End(Not run)

Description

Copier les rapss, les actes, les diagnostics et la table ano des rapss dans une db

Usage

db_had_out(con, p, remove = T, zip = T, indexes = list(), ...)

Arguments

Details

Les tables sont importées dans R puis copiées dans la db. Le tra est ajouté aux tables.

Value

nothing

Examples

## Not run: 
purrr::quietly(db_had_out)(con, p) -> statuts ; gc(); #ok
purrr::quietly(db_had_out)(con, p, annee = 2017, mois = 7) -> statuts ; gc(); #..

## End(Not run)

Description

~ db - Lister les tables d'une db en tableau

~ db - Lister les tables d'une db en tableau

Usage

db_liste_tables(con, nb = 15)

db_liste_tables(con, nb = 15)

Arguments

Value

nothing

nothing

Examples

## Not run: 
db_liste_tables(con)

## End(Not run)
## Not run: 
db_liste_tables(con)

## End(Not run)

Description

Copier les rum, les actes et les diagnostics des rums dans une db

Usage

db_mco_in(con, p, remove = T, zip = T, indexes = list(), ...)

Arguments

Details

Les tables sont importées dans R puis copiées dans la db La table diag est créée et la durée des rum est calculée (DUREESEJPART)

Value

nothing

Examples

## Not run: 
purrr::quietly(db_mco_in)(con, p) -> statuts ; gc(); #ok
purrr::quietly(db_mco_in)(con, p, annee = 2015) -> statuts ; gc(); #..

## End(Not run)

Description

Copier les rsa, les passages um, les actes et les diagnostics des rsa, et ano dans une db

Usage

db_mco_out(con, p, remove = T, zip = T, indexes = list(),  ...)

Arguments

Details

Les tables sont importées dans R puis copiées dans la db. La table diag est créée, les variables ghm, année séquentielle des tarifs et un champ caractère diagnostics sont ajoutés à la table rsa. Le tra est ajouté aux tables.

Value

nothing

Examples

## Not run: 
purrr::quietly(db_mco_out)(con, p) -> statuts ; gc(); #ok
purrr::quietly(db_mco_out)(con, p, annee = 2017, mois = 7) -> statuts ; gc(); #..

## End(Not run)

Description

Copier les rpsa, les actes, les diagnostics et la table ano des rpsa dans une db

Usage

db_psy_out(con, p, remove = T, zip = T, indexes = list(), ...)

Arguments

Details

Les tables sont importées dans R puis copiées dans la db. Le tra est ajouté aux tables.

Value

nothing

Examples

## Not run: 
purrr::quietly(db_psy_out)(con, p) -> statuts ; gc(); #ok
purrr::quietly(db_psy_out)(con, p, annee = 2017, mois = 6) -> statuts ; gc(); #..

## End(Not run)

Description

Copier tous les rsf (lettre par lettre, A, B, C, ...), les ano-ace dans une db

Copier tous les rsf (lettre par lettre, A, B, C, ...), les ano-ace dans une db

Usage

db_rsf_out(con, p, remove = T, zip = T, indexes = list(), ...)

db_rsf_out(con, p, remove = T, zip = T, indexes = list(), ...)

Arguments

Details

Les tables sont importées dans R puis copiées dans la db

Les tables sont importées dans R puis copiées dans la db

Value

nothing

nothing

Examples

## Not run: 
purrr::quietly(db_rsf_out)(con, p) -> statuts ; gc(); #ok
purrr::quietly(db_rsf_out)(con, p, annee = 2014) -> statuts ; gc(); #ok

## End(Not run)
## Not run: 
purrr::quietly(db_rsf_out)(con, p) -> statuts ; gc(); #ok
purrr::quietly(db_rsf_out)(con, p, annee = 2014) -> statuts ; gc(); #ok

## End(Not run)

Description

Copier les rha, les actes, les diagnostics des rha, ssrha et ano dans une db

Usage

db_ssr_out(con, p, remove = T, zip = T, indexes = list(), ...)

Arguments

Details

Les tables sont importées dans R puis copiées dans la db. Le tra est ajouté aux tables.

Value

nothing

Examples

## Not run: 
purrr::quietly(db_ssr_out)(con, p) -> statuts ; gc(); #ok
purrr::quietly(db_ssr_out)(con, p, annee = 2017, mois = 7) -> statuts ; gc(); #..

## End(Not run)

Description

Obtenir le dictionnaire d'une table

Usage

dico(table)

Arguments

Author(s)

G. Pressiat

See Also

irsa, irum

Examples

## Not run: 
# N'importer qu'une ligne du fichier :
   irsa('750712184', 2016, 8, '~/path/path', typi= 1, n_max = 1) -> import
   dico(import$rsa)

## End(Not run)

Description

~ req : mise en forme d'une liste de codes

Usage

enrobeur(a, robe = "'", colonne = F, interstice = ", ", symetrique = F)

Author(s)

G. Pressiat voir https://guillaumepressiat.shinyapps.io/transcodeur/ pour son utilisation interactive hors AP-HP

Examples

## Not run: 
li <- c('QEFA003', 'QEFA005', 'QEFA010', 'QEFA013', 'QEFA015', 'QEFA019', 'QEFA020')

enrobeur(li, robe="", interstice="|") %>% cat()

enrobeur(li, robe="\'", interstice=",") %>% cat()

enrobeur(li, robe="\'%", interstice="\n", symetrique = T) %>% cat()

## End(Not run)

Description

~ VVR - Reproduire le tableau RAE

Usage

epmsi_mco_rae(valo, knit = FALSE)

Arguments

Value

Un tibble similaire au tableau RAE epmsi

Author(s)

G. Pressiat

Examples

## Not run: 
epmsi_mco_rae(valo)

## End(Not run)

Description

~ VVR - Reproduire le tableau RAV

Usage

epmsi_mco_rav(valo, knit = FALSE)

Arguments

Value

Un tibble similaire au tableau RAV epmsi (montant BR* ou BR si coeff prud = 1)

Author(s)

G. Pressiat, fbrcdnj

Examples

## Not run: 
epmsi_mco_rav(valo)

## End(Not run)

Description

~ VVR - Synthese des rubriques de valo apres valo des RUM

Usage

epmsi_mco_rav_rum(valo_rum, theorique = TRUE)

Arguments

Value

Un tibble similaire au tableau RAV epmsi

Author(s)

G. Pressiat

See Also

epmsi_mco_rav, epmsi_mco_rav_rum, epmsi_mco_rav2,

Examples

## Not run: 
epmsi_mco_rav_rum(valo)

## End(Not run)

Description

~ VVR - Reproduire le tableau RAV (works)

Usage

epmsi_mco_rav2(valo, theorique = TRUE)

Arguments

Value

Un tibble similaire au tableau RAV epmsi (montant BR* ou BR si coeff prud = 1)

Author(s)

G. Pressiat

Examples

## Not run: 
epmsi_mco_rav2(valo)

## End(Not run)

Description

Il s'agit d'un tableau similaire au tableau "Séjours Valorisés"

Usage

epmsi_mco_sv(valo, knit = FALSE)

Arguments

Value

Un tibble similaire au tableau RAV epmsi

Il s'agit d'un tableau similaire au tableau "Récapitulation Activité - Valorisation"

Author(s)

G. Pressiat

Examples

## Not run: 
epmsi_mco_sv(valo)

## End(Not run)

Description

~ MCO - Comprendre le tableau epmsi 1.V.2.VMED - F

Usage

epmsi_mco_vmed_f(p, ref_indic)

Arguments

Value

Liste de deux tables : tableau ePMSI et détail avec NAS, UCD, Indcations, etc.

Examples

## Not run: 
library(pmeasyr)
library(dplyr, warn.conflicts = FALSE)


p <- noyau_pmeasyr(
  finess = '123456789',
  annee  = 2019,
  mois   = 3,
  path   = '~/Documents/data/mco',
  tolower_names = TRUE,
  lib = FALSE, 
  progress = FALSE
)

# devtools::install_github('GuillaumePressiat/nomensland')
library(nomensland)
ref_indic <- get_table('mco_medref_atih_indications') %>% 
  mutate(mois = substr(anseqta,1,2), 
         annee = substr(anseqta, 3,6)) 
vmed_f <- epmsi_mco_vmed_f(p, 
                           ref_indic)

## End(Not run)

Description

Table des formats

Author(s)

G. Pressiat

Description

Imports du fichier Ano

Usage

iano_had(finess, annee, mois, path, lib = T, tolower_names = F, ...)

Arguments

Details

Formats depuis 2011 pris en charge Structure du nom du fichier attendu (sortie de Paprica) : finess.annee.moisc.ano

750712184.2016.2.ano

Value

Une table (data.frame, tibble) contenant les données Anohosp HAD du Out.

Author(s)

G. Pressiat

See Also

irapss, utiliser un noyau de parametres avec noyau_pmeasyr

Examples

## Not run: 
   anoh <- iano_had('750712184',2015,12,"~/Documents/data/had")

## End(Not run)

Description

Import du fichier ANO In ou Out.

Usage

iano_mco(finess, annee, mois, path, lib = T, tolower_names = F, typano = "out")

Arguments

Details

Formats depuis 2011 pris en charge Structure du nom du fichier attendu : finess.annee.moisc.ano finess.annee.moisc.ano.txt

750712184.2016.2.ano 750712184.2016.2.ano.txt

Value

Une table (data.frame ou tibble) qui contient les données Anohosp in / out

Author(s)

G. Pressiat

See Also

irum, irsa, utiliser un noyau de parametres avec noyau_pmeasyr

Examples

## Not run: 
   iano_mco('750712184',2015,12,'~/Documents/data/mco') -> ano_out15
   iano_mco('750712184',2015,12,'~/Documents/data/mco', typano = "in") -> ano_in15

## End(Not run)

Description

Import du fichier Ano

Usage

iano_psy(finess, annee, mois, path, lib = T, tolower_names = F, ...)

Arguments

Details

Formats depuis 2012 pris en charge Structure du nom du fichier attendu (sortie de Genrha) : finess.annee.moisc.ano

750712184.2016.2.ano

Value

Une table (data.frame, tibble) contenant les données Anohosp SSR du Out.

Author(s)

G. Pressiat

See Also

irpsa, utiliser un noyau de parametres avec noyau_pmeasyr

Examples

## Not run: 
   anoh <- iano_psy('750712184',2015,12,"~/Documents/data/psy")

## End(Not run)

Description

Import du fichier ANO-ACE RSF Out ou le ano-ace-maj (reprise)

Usage

iano_rafael(finess, annee, mois, path, lib = T, lamda = F, tolower_names = F, ...)

Arguments

Details

Formats depuis 2012 pris en charge pour les ano-ace Formats depuis 2014 pris en charge pour les ano-ace-maj (reprise 2013)

Structure du nom du fichier attendu : finess.annee.moisc.ano

750712184.2016.2.ano

Value

Une table (data.frame ou tibble) qui contient les données Anohosp in / out

Author(s)

G. Pressiat

See Also

irafael, utiliser un noyau de parametres avec noyau_pmeasyr

Examples

## Not run: 
   iano_rafael('750712184', 2015, 12,'~/Documents/data/rsf') -> ano_out15
   iano_rafael('750712184', 2015, 12,'~/Documents/data/rsf', lamda = T) -> lamda_maj_ano_out14

## End(Not run)

Description

Import du fichier Ano

Usage

iano_ssr(finess, annee, mois, path, lib = T, tolower_names = F, ...)

Arguments

Details

Formats depuis 2011 pris en charge Structure du nom du fichier attendu (sortie de Genrha) : finess.annee.moisc.ano

750712184.2016.2.ano

Value

Une table (data.frame, tibble) contenant les données Anohosp SSR du Out.

Author(s)

G. Pressiat

See Also

irha, utiliser un noyau de parametres avec noyau_pmeasyr

Examples

## Not run: 
   anoh <- iano_ssr('750712184',2015,12,"~/Documents/data/ssr")

## End(Not run)

Description

Imports des fichiers DIAP In / Out

Usage

idiap(finess, annee, mois, path, 
typdiap = c("out", "in"), 
lib = T, tolower_names = F, ...)

Arguments

Details

Formats depuis 2011 pris en charge

Value

Une table (data.frame, tibble) contenant les dialyses péritonéales In ou Out.

Author(s)

G. Pressiat

See Also

irum, irsa

Examples

## Not run: 
   idiap <- idiap('750712184',2015,12,"~/Documents/data/mco")

## End(Not run)

Description

Import des fichiers DMI In ou Out.

Usage

idmi_mco(...)

Arguments

Details

Formats depuis 2011 pris en charge

Value

Une table (data.frame, tibble) contenant les dispositifs médicaux implantables In ou Out (T2A, ATU et thrombo selon l'existence des fichiers : si le fichier n'existe pas, pas de donnée importée). Pour discriminer le type de prestation, la colonne TYPEPREST donne l'information : T2A 06 - ATU 09 - THROMBO 10

Author(s)

G. Pressiat

See Also

irum, irsa

Examples

## Not run: 
   idmi_mco('750712184',2015,12,'~/Documents/data/mco') -> dmi_out15
   idmi_mco('750712184',2015,12,'~/Documents/data/mco', typdmi = "in") -> dmi_in15

## End(Not run)

Description

Imports du fichier IUM MCO

Usage

iium(finess, annee, mois, path, lib = T, tolower_names = F, ...)

Arguments

Details

Formats depuis 2011 pris en charge

Value

Une table (data.frame, tibble) contenant les informations structures du Out.

Author(s)

G. Pressiat

See Also

irsa, utiliser un noyau de parametres avec noyau_pmeasyr

Examples

## Not run: 
   um <- iium('750712184',2015,12,"~/Documents/data/mco")

## End(Not run)

Description

Imports du fichier IUM corresp MCO

Usage

iium_corresp(finess, annee, mois, path, lib = T, tolower_names = F, ...)

Arguments

Details

Formats depuis 2020 pris en charge

Value

Une table (data.frame, tibble) contenant les informations Um out/UM in.

Author(s)

G. Pressiat

See Also

irsa, utiliser un noyau de parametres avec noyau_pmeasyr

Examples

## Not run: 
   um_corresp <- iium_corresp('750712184',2020,12,"~/Documents/data/mco")

## End(Not run)

Description

Imports du fichier IUM SSR

Usage

iium_ssr(finess, annee, mois, path, lib = T, ...)

Arguments

Details

Formats depuis 2013 pris en charge

Value

Une table (data.frame, tibble) contenant les informations structures du Out.

Author(s)

G. Pressiat

See Also

irsa, utiliser un noyau de parametres avec noyau_pmeasyr

Examples

## Not run: 
   um <- iium_ssr('750712184',2015,12,"~/Documents/data/ssr")

## End(Not run)

Description

Import des fichiers IVG In ou Out.

Usage

iivg_mco(finess, annee, mois, path, lib = T, tolower_names = F, typivg = c('out', 'in'))

Arguments

Details

Formats depuis 2017 pris en charge

Value

Une table (data.frame, tibble) contenant les IVG In ou Out (si le fichier n'existe pas, pas de donnée importée). Le TYPEPREST est par defaut 53

Author(s)

G. Pressiat, N. Taright

See Also

irum, irsa, utiliser un noyau de parametres avec noyau_pmeasyr

Examples

## Not run: 
   iivg_mco('750712184', 2017, 12,'~/Documents/data/mco') -> ivg_out17
   iivg_mco('750712184', 2017, 12,'~/Documents/data/mco', typivg = "in") -> ivg_in17

## End(Not run)

Description

Import de la liste d'erreurs de génération Paprica

Usage

ileg_had(finess, annee, mois, path, reshape = F, tolower_names = F, ...)

Arguments

Value

Une table (data.frame, tibble) contenant les erreurs Out.

Author(s)

G. Pressiat

See Also

irapss, utiliser un noyau de parametres avec noyau_pmeasyr

Examples

## Not run: 
   ileg_had('750712184',2015,12,'~/Documents/data/had') -> leg15

## End(Not run)

Description

Import de la liste d'erreurs de génération Genrsa

Usage

ileg_mco(finess, annee, mois, path, reshape = F, tolower_names = F, ...)

Arguments

Details

Formats depuis 2011 pris en charge

Value

Une table (data.frame, tibble) contenant les erreurs Out.

Author(s)

G. Pressiat

See Also

irum, irsa, utiliser un noyau de parametres avec noyau_pmeasyr

Examples

## Not run: 
   ileg_mco('750712184',2015,12,'~/Documents/data/mco') -> leg15

## End(Not run)

Description

Import de la liste d'erreurs de génération Genrha

Usage

ileg_ssr(finess, annee, mois, path, reshape = F, tolower_names = F, ...)

Arguments

Value

Une table (data.frame, tibble) contenant les erreurs Out.

Author(s)

G. Pressiat

See Also

irha, issrha, utiliser un noyau de parametres avec noyau_pmeasyr

Examples

## Not run: 
   ileg_had('750712184',2015,12,'~/Documents/data/ssr') -> leg15

## End(Not run)

Description

Imports du fichier Med Out

Usage

imed_had(finess, annee, mois, path, lib = T, tolower_names = F, ...)

Arguments

Details

Formats depuis 2011 pris en charge

import des med, medatu et mchl si le fichier existe

Structure du nom du fichier attendu (sortie de Paprica) : finess.annee.moisc.med

750712184.2016.2.med

Value

Une table (data.frame, tibble) contenant les données médicaments HAD du Out.

Author(s)

G. Pressiat

See Also

irapss utiliser un noyau de parametres avec noyau_pmeasyr

Examples

## Not run: 
   medh <- imed_had('750712184',2015,12,"~/Documents/data/had")

## End(Not run)

Description

Import des fichiers MED In ou Out.

Usage

imed_mco(finess, annee, mois, path, lib = T, tolower_names = F, typmed = c('out', 'in'))

Arguments

Details

Formats depuis 2011 pris en charge

Value

Une table (data.frame, tibble) contenant les médicaments In ou Out (T2A, ATU et thrombo selon l'existence des fichiers : si le fichier n'existe pas, pas de donnée importée). Pour discriminer le type de prestation, la colonne TYPEPREST donne l'information : T2A 06 - ATU 09 - THROMBO 10

Author(s)

G. Pressiat

See Also

irum, irsa, utiliser un noyau de parametres avec noyau_pmeasyr

Examples

## Not run: 
   imed_mco('750712184',2015,12,'~/Documents/data/mco') -> med_out15
   imed_mco('750712184',2015,12,'~/Documents/data/mco', typmed = "in") -> med_in15

## End(Not run)

Description

Imports du fichier Med Out

Usage

imed_ssr(finess, annee, mois, path, lib = T, tolower_names = F, ...)

Arguments

Details

Formats depuis 2011 pris en charge Structure du nom du fichier attendu (sortie de Genrha) : finess.annee.moisc.med

750712184.2017.2.med

Value

Une table (data.frame, tibble) contenant les données médicaments SSR du Out.

Author(s)

G. Pressiat

See Also

irapss utiliser un noyau de parametres avec noyau_pmeasyr

Examples

## Not run: 
   meds <- imed_ssr('750712184',2015,12,"~/Documents/data/ssr")

## End(Not run)

Description

Ajout du TRA par dplyr::inner_join

Usage

inner_tra(table, tra, sel = 1, champ = "mco")

Arguments

Value

Une table contenant le inner_join entre table et tra

Author(s)

G. Pressiat

See Also

irum, irsa, imed_mco, irpsa, irha, irapss

Examples

## Not run: 
   med <- imed_mco('750712184',2015,12,"~/Documents/data/mco","out")
   tra <- itra('750712184',2015,12,"~/Documents/data/mco")
   med <- inner_tra(med,tra)

## End(Not run)

Description

Imports des fichiers PIE Out

Usage

ipie(finess, annee, mois, path, typpie = c("out", "in"), lib = T, tolower_names = F, ...)

Arguments

Details

Formats depuis 2011 pris en charge

Value

Une table (data.frame, tibble) contenant les prestation inter-établissement Out.

Author(s)

G. Pressiat

See Also

irsa, irum

Examples

## Not run: 
   pie <- ipie('750712184',2018,4,"~/Documents/data/mco")

## End(Not run)

Description

Imports des fichiers PO In / Out

Usage

ipo(finess, annee, mois, path, typpo = c("out", "in"), lib = T, tolower_names = F, ...)

Arguments

Details

Formats depuis 2011 pris en charge

Value

Une table (data.frame, tibble) contenant les prélèvements d'organes In ou Out.

Author(s)

G. Pressiat

See Also

irum, irsa, utiliser un noyau de parametres avec noyau_pmeasyr

Examples

## Not run: 
   po <- ipo('750712184',2015,12,"~/Documents/data/mco")

## End(Not run)

Description

Import du fichier R3A

Usage

ir3a(finess, annee, mois, path, lib = T, tolower_names = F, ...)

Arguments

Details

Formats depuis 2012 pris en charge Structure du nom du fichier attendu (sortie de Pivoine) : finess.annee.moisc.r3a

750712184.2016.3.r3a

Value

Une table (data.frame, tibble) contenant les données R3A.

Author(s)

G. Pressiat

See Also

irpsa, utiliser un noyau de parametres avec noyau_pmeasyr

Examples

## Not run: 
   r3a <- ir3a('750712184',2015,12,"~/Documents/data/psy")

## End(Not run)

Description

Import du fichier raa

Usage

iraa(finess, annee, mois, path, lib = T, tolower_names = F, ...)

Arguments

Details

Formats depuis 2012 pris en charge Structure du nom du fichier attendu (sortie de Pivoine) : finess.annee.moisc.rpa.txt

750712184.2016.3.rpa.txt

Value

Une table (data.frame, tibble) contenant les données raa.

Author(s)

G. Pressiat

See Also

irpsa, utiliser un noyau de parametres avec noyau_pmeasyr

Examples

## Not run: 
   raa <- iraa('750712184',2015,12,"~/Documents/data/psy")

## End(Not run)

Description

Import des Rafael et des Rafael reprises

Usage

irafael(finess, annee, mois, path, lib = T, tolower_names = F, 
stat = T, lister = c("A", "B",
"C", "H", "L", "M", "P"), lamda = F, ...)

Arguments

Details

Formats depuis 2012 pour les rsfa Formats depuis 2014 pour les rsfa-maj (reprise 2013)

Value

Une classe S3 contenant les tables (data.frame, tibble ou tbl) importées (rafaels)

Author(s)

G. Pressiat

See Also

iano_rafael, utiliser un noyau de parametres avec noyau_pmeasyr

Examples

## Not run: 
   irafael('750712184',2015,12,'~/Documents/data/rsf') -> rsfa15
   irafael('750712184',2015,12,'~/Documents/data/rsf', lister = 'C', lamda = T) -> rsfa14_lamda

## End(Not run)

Description

Imports du fichier RAPSS

Usage

irapss(finess, annee, mois, path, lib = T, tolower_names = F, ...)

Arguments

Details

Formats depuis 2011 pris en charge Structure du nom du fichier attendu (sortie de Paprica) : finess.annee.moisc.rapss

750712184.2016.2.rapss

Value

Une classe S3 contenant les tables (data.frame, tibble ou tbl) importées (rapss, acdi, ght).

Author(s)

G. Pressiat

See Also

iano_had, ileg_had, utiliser un noyau de parametres avec noyau_pmeasyr

Examples

## Not run: 
   um <- iium('750712184',2015,12,"~/Documents/data/had")

## End(Not run)

Description

Import des RHA

Usage

irha(finess, annee, mois, path, lib = T, tolower_names = F, ...)

Arguments

Details

Formats depuis 2011 pris en charge

Author(s)

G. Pressiat

See Also

iano_ssr, ileg_ssr, utiliser un noyau de parametres avec noyau_pmeasyr

Examples

## Not run: 
   irha('750712184',2015,12,'pathpath/') -> rha15

## End(Not run)

Description

Import des RHS

Usage

irhs(finess, annee, mois, path, lib = T, tolower_names = F, ...)

Arguments

Details

Formats depuis 2011 pris en charge

Author(s)

G. Pressiat

See Also

iano_ssr, ileg_ssr, utiliser un noyau de parametres avec noyau_pmeasyr

Examples

## Not run: 
   irhs('750712184',2015,12,'pathpath/') -> rhs15

## End(Not run)

Description

Import du fichier rps

Usage

irps(finess, annee, mois, path, lib = T, tolower_names = F, ...)

Arguments

Details

Formats depuis 2012 pris en charge Structure du nom du fichier attendu (sortie de Pivoine) : finess.annee.moisc.rps.txt

750712184.2016.2.rps.txt

Value

Une table (data.frame, tibble) contenant les données rps.

Author(s)

G. Pressiat

See Also

ir3a, utiliser un noyau de parametres avec noyau_pmeasyr

Examples

## Not run: 
   rps <- irps('750712184',2015,12,"~/Documents/data/psy")

## End(Not run)

Description

Import du fichier RPSA

Usage

irpsa(finess, annee, mois, path, lib = T, tolower_names = F, ...)

Arguments

Details

Formats depuis 2012 pris en charge Structure du nom du fichier attendu (sortie de Pivoine) : finess.annee.moisc.rpsa

750712184.2016.2.rpsa

Value

Une table (data.frame, tibble) contenant les données RPSA.

Author(s)

G. Pressiat

See Also

ir3a, utiliser un noyau de parametres avec noyau_pmeasyr

Examples

## Not run: 
   rpsa <- irpsa('750712184',2015,12,"~/Documents/data/psy")

## End(Not run)

Description

Import des RSA. 6 types d'imports possibles.

Usage

irsa(finess, annee, mois, path, lib = T, typi = 4, tolower_names = F, ...)

Arguments

Details

Formats depuis 2011 pris en charge Structure du nom du fichier attendu (sortie de Genrsa) : finess.annee.moisc.rsa

750712184.2016.2.rsa

Types d'imports :

Principe du streaming : Mise en chaîne de caractères de la succession d'actes CCAM au cours du RUM, par exemple, pour un RUM : ‘⁠"ACQK001, LFQK002, MCQK001, NAQK015, PAQK002, PAQK900, YYYY600, ZZQP004"⁠’

La recherche d'un (ou d'une liste d') acte(s) sur un RUM est largement accélérée, comparée à une requête sur la large table acdi par une requête du type :

grepl("ZZQP004",rsa$actes) # toutes les lignes de RSA avec au moins un ZZQP004

e66 <- grepl('E66',das)|grepl('E66',dpdrum) # toutes les lignes de RSA avec un diagnostic E66

Cela permet de n'utiliser que la seule table rsa avec stream et d'avoir les infos sur les séjours directement : nb séjours, journées, entrée / sortie (...) plutôt que d'avoir à utiliser et croiser les tables acdi, rsa_um avec rsa.

Value

Une classe S3 contenant les tables (data.frame, tibble ou tbl) importées (rsa, rsa_um, actes et das si import > 3)

Author(s)

G. Pressiat

See Also

irum, ileg_mco, iano_mco, utiliser un noyau de parametres avec noyau_pmeasyr

Examples

## Not run: 
   irsa('750712184',2015,12,'~/Documents/data/mco') -> rsa15

## End(Not run)

Description

Import des RSF en année courante

Usage

irafael(finess, annee, mois, path, lib = T, tolower_names = F, 
stat = T, lister = c("A", "B",
"C", "H", "L", "M", "P"), lamda = F, ...)

Arguments

Details

Formats depuis 2019 pour les rsf

Value

Une classe S3 contenant les tables (data.frame, tbl_df ou tbl) importées (rafaels)

Author(s)

G. Pressiat

See Also

iano_rafael, utiliser un noyau de parametres avec noyau_pmeasyr

Examples

## Not run: 
   irsf('750712184',2019,12,'~/Documents/data/rsf') -> rsf19

## End(Not run)

Description

Import des RUM. 4 types d'imports possibles.

Usage

irum(finess, annee, mois, path, lib = T, typi = 3, tolower_names = F, ...)

Arguments

Details

Formats depuis 2011 pris en charge

Structure du nom du fichier attendu (entrée pour Genrsa) : finess.annee.moisc.rum

750712184.2016.2.rum

Types d'imports :

Principe du streaming : Mise en chaîne de caractères de la succession d'actes CCAM au cours du RUM, par exemple, pour un RUM : ‘⁠"ACQK001, LFQK002, MCQK001, NAQK015, PAQK002, PAQK900, YYYY600, ZZQP004"⁠’

La recherche d'un (ou d'une liste d') acte(s) sur un RUM est largement accélérée, comparée à une requête sur la large table acdi par une requête du type :

grepl("ZZQP004",rum$actes) # toutes les lignes de RUM avec au moins un ZZQP004 grepl("ZZQP004|EBLA003",rum$actes) # toutes les lignes de RUM avec au moins un ZZQP004 ou un EBLA003

Value

Une classe S3 contenant les tables (data.frame, tibble) importées (rum, actes, das et dad si import 3 et 4)

Author(s)

G. Pressiat

See Also

irsa, ileg_mco, iano_mco, utiliser un noyau de parametres avec noyau_pmeasyr

Examples

## Not run: 
   irum('750712184',2015,12,'~/Documents/data/mco', typi = 1) -> rum15

## End(Not run)

Description

Import du fichier SHA

Usage

issrha(finess, annee, mois, path, lib = T, tolower_names = F, ...)

Arguments

Details

Formats depuis 2011 pris en charge Structure du nom du fichier attendu (sortie de Genrha) : finess.annee.moisc.sha

750712184.2016.2.sha

Value

Une table (data.frame, tibble) contenant les données SHA, et a partir de 2017 une liste de deux tables (sha et gme)

Author(s)

G. Pressiat

See Also

irha, ileg_ssr, iano_ssr, utiliser un noyau de parametres avec noyau_pmeasyr

Examples

## Not run: 
   sha <- issrha('750712184',2015,12,"~/Documents/data/ssr")

## End(Not run)

Description

Import des fichiers TPT In ou Out.

Usage

itpt_mco(finess, annee, mois, path, lib = T, tolower_names = F, typtpt = c('out', 'in'))

Arguments

Details

Formats depuis 2021 pris en charge

Value

Une table (data.frame, tibble) contenant les transports In ou Out (si le fichier n'existe pas, pas de donnée importée). Le TYPEPREST est par defaut 15

Author(s)

G. Pressiat, N. Taright

See Also

irum, irsa, utiliser un noyau de parametres avec noyau_pmeasyr

Examples

## Not run: 
   itpt_mco('750712184', 2021, 12,'~/Documents/data/mco') -> tpt_out15
   itpt_mco('750712184', 2021, 12,'~/Documents/data/mco', typtpt = "in") -> tpt_in15

## End(Not run)

Description

Import du fichier TRA, 4 champs PMSI couverts.

Usage

itra(finess, annee, mois, path, lib = T, tolower_names = F, champ = "mco")

Arguments

Details

Formats depuis 2011 pris en charge Structure du nom du fichier attendu (sortie de Genrsa) : finess.annee.moisc.tra

750712184.2016.2.tra

Value

Une table (data.frame ou tibble) qui contient : - Clé RSA - NORSS - Numéro de ligne du fichier RSS d'origine (rss.ini) - NAS - Date d'entrée du séjour - GHM groupage du RSS (origine) - Date de sortie du séjour

Author(s)

G. Pressiat

See Also

irum, irsa, ileg_mco, iano_mco, irha, irapss, irpsa, ir3a, utiliser un noyau de parametres avec noyau_pmeasyr

Examples

## Not run: 
   itra('750712184',2015,12,'~/Documents/data/champ_pmsi') -> tra15

## End(Not run)

Description

Attribuer des libelles aux colonnes PMSI

Usage

labeleasier(
  col,
  Mode_entree = F,
  Mode_sortie = F,
  Provenance = F,
  Destination = F,
  Sexe = F,
  facteur = F
)

Arguments

Value

Un vecteur caractère ou facteur

Author(s)

G. Pressiat

Examples

## Not run: 
   labeleasier(rsa$rsa$SEXE, Sexe = T, F)
   labeleasier(rsa$rsa$DEST, Destination = T, F)

## End(Not run)

Description

~ req : lancer une ou plusieurs requetes avec une ou des listes

Usage

lancer_requete(tables, elements, vars = NULL)

Value

un tibble concatenant les resultats de toutes les requetes : les rsa qui ont un acte de la liste, un diag, une duree correspondante, etc.

Author(s)

G. Pressiat

Examples

## Not run: 
prepare_rsa(rsa) -> rsa
get_all_listes('Recours Exceptionnel') -> listes_re
lancer_requete(rsa, listes_re)

get_liste('chir_bariatrique_total') -> liste_bari
lancer_requete(rsa, liste_bari)

## End(Not run)

Description

~ req : lancer une ou plusieurs requetes dans une db avec une ou des listes

Usage

lancer_requete_db(con, an, elements, vars = NULL)

Value

un tibble concatenant les resultats de toutes les requetes : les rsa qui ont un acte de la liste, un diag, une duree correspondante, etc.

Author(s)

G. Pressiat

Examples

## Not run: 
get_all_listes('Recours Exceptionnel') -> listes_re
lancer_requete_db(con, an, listes_re)

get_liste('chir_bariatrique_total') -> liste_bari
lancer_requete_db(con, an, liste_bari)

## End(Not run)

Description

Définir un noyau de paramètres

Usage

noyau_pmeasyr(...)

## S3 method for class 'pm_param'
print(x, ...)

Details

Voir exemple

Author(s)

G. Pressiat

See Also

noyau_skeleton

Examples

## Not run: 
library(magrittr)

p <- noyau_pmeasyr(
finess = '750712184',
annee  = 2016,
mois   = 12,
path   = '~/Documents/data/mco',
progress = F
)

p %>% adezip(type = "out", liste = "")

p %>% irsa()     -> rsa
p %>% iano_mco() -> ano
p %>% ipo()      -> po

p %>% adezip(type = "in", liste = "")
 
p %>% irum()     -> rum

# Modifier le type d'import :
irsa(p, typi = 6) -> rsa

# Pour visualiser p : 
p
print(p)

## End(Not run)

Description

Générer un squelette de noyau de paramètres

Usage

noyau_skeleton(nom = "p", zip = F)

Details

Voir exemple

Author(s)

G. Pressiat

See Also

noyau_pmeasyr

Examples

## Not run: 

noyau_skeleton()
## résultat : 
## noyau_pmeasyr(
##   finess = '.........',
##   annee  = ....,
##   mois   = ..,
##   path   = ''
## ) -> p

noyau_skeleton("alpha_bravo", T)

## noyau_pmeasyr(
##   finess = '.........',
##   annee  = ....,
##   mois   = ..,
##   path   = ''
## ) -> alpha_bravo
## 
## # adezip(alpha_bravo, type = 'out')
## # adezip(alpha_bravo, type = 'in') 


## End(Not run)

Description

On selectionne certaines variables et on en cree d'autres utiles lors de l'execution de la requete

Usage

prepare_rsa(rsa)

Value

un objet de classe rsa de pmeasyr

Author(s)

G. Pressiat

Examples

## Not run: 
tab <- irsa(typi = 6)
prepare_rsa(tab)

## End(Not run)

Description

Cette fonction permet de renommer un fichier, par exemple directement produit à partir du système d'information (hospitalier), sous une forme standardisée afin de pouvoir l'importer avec pmeasyr tout en gardant optionnellement le fichier original.

Usage

renomme_fichier(
  finess = "000000000",
  annee,
  mois,
  path,
  nom_fichier,
  type_fichier,
  garder_original = TRUE,
  copie_temporaire = TRUE,
  dossier_cible = path
)

Arguments

Value

Chemin vers le fichier renommé.

Examples

## Not run: 
library(pmeasyr)
# classique
renomme_fichier(annee = 2019, 
                mois = 12, 
                path = '~/Documents/data/mco/',
                nom_fichier = 'monrss.txt', 
                type_fichier = 'rss.txt', 
                garder_original = TRUE)

# avec noyau de paramètres
p <- noyau_pmeasyr(
  finess = '123456789',
  annee  = 2019,
  mois   = 12,
  path   = '~/Documents/data/mco',
  tolower_names = TRUE,
  lib = FALSE, 
  progress = FALSE
)

renomme_fichier(p, 
                nom_fichier = 'monrss.txt', 
                type_fichier = 'rss.txt', 
                garder_original = TRUE)


## End(Not run)

Description

~ req : requeter les rsa avec une liste

Usage

requete(tables, elements, vars = NULL)

Value

un tibble contenant les rsa respectant la requete : les rsa qui ont un acte de la liste, un diag, une duree correspondante, etc.

Author(s)

G. Pressiat

Examples

## Not run: 
liste = list(actes = c('EBLA003', 'EQLF002'))
requete(rsa, liste)

liste = list(actes = c('EBLA003', 'EQLF002'), dureemax = 0)
requete(rsa, liste)

## End(Not run)

Description

~ req : requeter les rsa dans une db avec une liste

Usage

requete_db(con, an, elements, vars = NULL)

Value

un tibble contenant les rsa respectant la requete : les rsa qui ont un acte de la liste, un diag, une duree correspondante, etc.

Author(s)

G. Pressiat

Examples

## Not run: 
liste = list(actes = c('EBLA003', 'EQLF002'))
requete_db(con, an, liste)

liste = list(actes = c('EBLA003', 'EQLF002'), dureemax = 0)
requete_db(con, 16, liste)

## End(Not run)

Description

~ db - remote access aux tables had

~ db - remote access aux tables had

Usage

tbl_had(con, an, table)

tbl_had(con, an, table)

Arguments

Value

remote table

tibble

remote table

tibble

Examples

## Not run: 
tbl_had(con, 16, 'rapss_rapss')

## End(Not run)
## Not run: 
tbl_had(con, 16, 'rapss_rapss')

## End(Not run)

Description

~ db - remote access aux tables mco

~ db - remote access aux tables mco

Usage

tbl_mco(con, an, table)

tbl_mco(con, an, table)

Arguments

Value

remote table

remote table

Examples

## Not run: 
tbl_mco(con, 16, 'rsa_rsa')

## End(Not run)
## Not run: 
tbl_mco(con, 16, 'rsa_rsa')

## End(Not run)

Description

~ db - remote access aux tables psy

~ db - remote access aux tables psy

Usage

tbl_psy(con, an, table)

tbl_psy(con, an, table)

Arguments

Value

remote table

tibble

remote table

tibble

Examples

## Not run: 
tbl_psy(con, 16, 'rpsa_rpsa')

## End(Not run)
## Not run: 
tbl_psy(con, 16, 'rpsa_rpsa')

## End(Not run)

Description

~ db - remote access aux tables rsf

~ db - remote access aux tables rsf

Usage

tbl_rsf(con, an, table)

tbl_rsf(con, an, table)

Arguments

Value

remote table

remote table

Examples

## Not run: 
tbl_rsf(con, 16, 'rsf_rafael_ano')

## End(Not run)
## Not run: 
tbl_rsf(con, 16, 'rsf_rafael_ano')

## End(Not run)

Description

~ db - remote access aux tables ssr

~ db - remote access aux tables ssr

Usage

tbl_ssr(con, an, table)

tbl_ssr(con, an, table)

Arguments

Value

remote table

remote table

Examples

## Not run: 
tbl_ssr(con, 16, 'rha_rha')

## End(Not run)
## Not run: 
tbl_ssr(con, 16, 'rha_rha')

## End(Not run)

Description

Restructurer les diagnostics

Usage

tdiag(d, include = T)

Arguments

Details

On obtient une table contenant tous les diagnostics par séjour, sur le principe suivant : Une variable numérique indique la position des diagnostics - pour les rsa : 1 : DP du rsa, 2 : DR du rsa, 3 : DPUM, 4 : DRUM, 5 : DAS - pour les rum : 1 : DP du rum, 2 : DR du rum, 3 : DAS, 4 : DAD - pour les rha : 1 : MMP du rha, 2 : FPPC du rha, 3 : AE, 4 : DA

Author(s)

G. Pressiat

See Also

irsa, irum, irha

Examples

## Not run: 
# avec include = T
irum('750712184', 2016, 8, '~/path/path', typi = 3) -> d1
tdiag(d1) -> d1
d1$diags
d1$actes
d1$dad
irsa('750712184', 2016, 8, '~/path/path', typi = 4) -> d1
tdiag(d1, include = F) -> alldiag

## End(Not run)

Description

Importer ou collecter les variables des anohosp out nécessaires pour attribuer le caractère facturable d'un séjour

Usage

vvr_ano_mco(...)

Arguments

Details

Deux méthodes sont disponibles : une utilisant l'import avec un noyau pmeasyr (p), l'autre utilisant les rsa stockés dans une base de données (con)

Value

Un tibble contenant les variables ano

Author(s)

G. Pressiat

See Also

epmsi_mco_sv, vvr_rsa, vvr_mco

Examples

## Not run: 
# avec un noyau pmeasyr (importer les données)
p <- noyau_pmeasyr(
  finess   = '750712184',
  annee    = 2000 + 18,
  mois     = 4,
  path     = '~/Documents/data/mco',
  progress = FALSE,
  n_max    = Inf,
  lib      = FALSE,
  tolower_names = TRUE)

vano <- vvr_ano_mco(p)

# depuis une base de données (collecter les données)
dbdir <- "~/Documents/data/monetdb"
con <- src_monetdblite(dbdir)

vano <- vvr_ano_mco(con, 18)

## End(Not run)

Description

Reproduire la valorisation BR et coefficients géo/prudentiels du tableau RAV d'epmsi, à partir des tables résultant des fonctions vvr_rsa, vvr_ano_mco, et de tables contenant les fichcomp PO et DIAP, PIE et MO

Usage

vvr_ghs_supp(
  rsa,
  tarifs,
  supplements = NULL,
  ano = NULL,
  porg = dplyr::tibble(),
  diap = dplyr::tibble(),
  pie = dplyr::tibble(),
  mo = dplyr::tibble(),
  full = FALSE,
  cgeo = 1.07,
  prudent = NULL,
  bee = TRUE,
  csegur = 1.0019
)

Arguments

Details

Cette fonction ne tient pas compte de la rubrique "Minoration forfaitaire liste en sus, car elle a été supprimée en 2018

Value

Un tibble contenant les différentes rubriques de valorisation, une ligne par clé rsa

Author(s)

G. Pressiat

See Also

vvr_ano_mco, vvr_rsa, vvr_mco

Examples

## Not run: 
# Récupérer les tarifs GHS et des suppléments (ex-DGF) : 
tarifs      <- nomensland::get_table('tarifs_mco_ghs') %>% distinct(ghs, anseqta, .keep_all = TRUE)
supplements <- nomensland::get_table('tarifs_mco_supplements') %>% mutate_if(is.numeric, tidyr::replace_na, 0)

# Recette GHS de base et suppléments EXB, EXH
vvr_ghs_supp(rsa = vrsa, tarifs = tarifs)

# Recette GHS de base et suppléments EXB, EXH, et des suppléments
vvr_ghs_supp(vrsa, tarifs, supplements, vano, ipo(p), idiap(p), ipie(p), imed_mco(p), bee = FALSE)

## End(Not run)

Description

Reproduire la valorisation BR et coefficients géo/prudentiels du tableau VALR d'epmsi

Usage

vvr_had_ght(p, ghts, coeff_geo = 1.07, coeff_prudent = NULL)

Arguments

Details

Cette fonction ne tient pas compte du fichier de conventions ESMS (cas des finess non conventionnés non pec ici)

Value

Un tibble contenant les valorisations GHT des sous-séquences de la table rapss$ght PAPRICA (et donc des séjours), les coefficient géo et prudentiels sont présents dans la table, la colonne tarif n'en tient pas compte, et il faut multiplier par le nb journées GHT pour obtenir la valorisation totale.

Author(s)

G. Pressiat

See Also

irapss, iano_had

Examples

## Not run: 
library(pmeasyr)
library(dplyr, warn.conflicts = F)

p <- noyau_pmeasyr(
  finess = '750712184',
  annee  = 2018,
  mois   = 12,
  path   = '~/Documents/data/had',
  progress = FALSE,
  tolower_names = TRUE,
  lib = FALSE
)

adezip(p, type = "out", liste = c('rapss', 'ano'))

library(nomensland)
ghts <- get_table('tarifs_had_ght') %>%
  tidyr::gather(type_tarif, tarif, - paprica_numght, - lib_ght) %>%
  mutate(anseqta = stringr::str_extract(type_tarif, '[0-9]{4}'),
         typdom    = substr(type_tarif, 6, nchar(type_tarif)))


# Utiliser cette fonction
base_ght <- vvr_had_ght(p, ghts)



ano <- iano_had(p)

library(stringfix)
# calculer le montant Base remboursement et le nb de journées valorisées
base_ght %>% 
  inner_join(distinct(ano, noseqsej, .keep_all = TRUE), by = 'noseqsej') %>%
  # filtre sur séjours facturables
  filter(factam %in% c('1', '2')) %>% 
  mutate(tarif = tarif * joursght * cgeo * cprudent) %>% 
  summarise(
    euros =  sum(tarif, na.rm = TRUE) %>% round(.,2) %>% 
       formatC(., big.mark = " ", format = "f", digits = 2) %+% "€",
    nbj = sum(joursght))

##| euros      | nbj   |
##|------------|-------|
##| xxx xxx,xx€| x xxx |

## End(Not run)

Description

Fonction pour obtenir les tables de libellés du tableau SV, RAV, et le type de caractère bloquant des données VIDHOSP.

Usage

vvr_libelles_valo(wich)

Arguments

Value

Un tibble avec les codes et libellés

Author(s)

G. Pressiat

Examples

## Not run: 
# Libellés des types de séjours (tableau SV)
vvr_libelles_valo('lib_type_sej')

# Libellés des types de vidhosp
vvr_libelles_valo('lib_vidhosp')

# Libellés des types de valo (tableau RAV)
vvr_libelles_valo('lib_valo')

## End(Not run)

Description

On ajoute les données facturation (vvr_mco_sv) aux données de valorisation 100

Usage

vvr_mco(rsa_v, ano_sv)

Arguments

Details

C'est un left join

Value

Un tibble final contenant la catégorie du tableau SV epmsi, et les variables rec_ de recette par séjour

Author(s)

G. Pressiat

Description

Reproduire les catégories du tableau SV d'epmsi, à partir des tables résultant des fonctions vvr_rsa, vvr_ano_mco et éventuellement d'une table contenant le fichcomp PO

Usage

vvr_mco_sv(rsa, ano, porg = dplyr::tibble(cle_rsa = ""))

Arguments

Value

Un tibble contenant la catégorie du tableau SV epmsi, une ligne par clé rsa

Author(s)

G. Pressiat

See Also

vvr_ano_mco, vvr_rsa, vvr_mco

Examples

## Not run: 
# Tenir compte des porg
vvr_mco_sv(vrsa, vano, porg = ipo(p))

# ne pas tenir compte des porg
vvr_mco_sv(vrsa, vano)

## End(Not run)

Description

Importer ou collecter les variables des rsa nécessaires à leur valorisation GHS + suppléments

Usage

vvr_rsa(...)

Arguments

Details

Deux méthodes sont disponibles : une utilisant l'import avec un noyau pmeasyr (p), l'autre utilisant les rsa stockés dans une base de données (con)

Value

Un tibble contenant les variables des rsa nécessaires pour calculer les recettes ghs et suppléments

Author(s)

G. Pressiat

See Also

epmsi_mco_sv, vvr_ano_mco, vvr_mco

Examples

## Not run: 
# avec un noyau pmeasyr (importer les données)
annee <- 18
p <- noyau_pmeasyr(
  finess   = '750712184',
  annee    = 2000 + annee,
  mois     = 4,
  path     = '~/Documents/data/mco',
  progress = FALSE,
  n_max    = Inf,
  lib      = FALSE,
  tolower_names = TRUE)

vrsa <- vvr_rsa(p)

# depuis une base de données (collecter les données)
dbdir <- "~/Documents/data/monetdb"
con <- src_monetdblite(dbdir)

vrsa <- vvr_rsa(con, annee)

## End(Not run)

Description

Pour les RSA transmis hors période, on modifie CMD, GHM, et GHS en 90, 90Z99Z, et 9999 pour ne pas les valoriser

Usage

vvr_rsa_hors_periode(vrsa, an_v, mois_v)

Author(s)

G. Pressiat