Package: pmeasyr 0.5.1

Guillaume Pressiat

pmeasyr: Donnees PMSI avec R

Import de donnees PMSI. Gestion des archives. Formats depuis 2011. Connexion et interface avec une db. requetr. Valorisation des rsa, des rapss.

Authors:Guillaume Pressiat

pmeasyr_0.5.1.tar.gz
pmeasyr_0.5.1.zip(r-4.7)pmeasyr_0.5.1.zip(r-4.6)pmeasyr_0.5.1.zip(r-4.5)
pmeasyr_0.5.1.tgz(r-4.6-any)pmeasyr_0.5.1.tgz(r-4.5-any)
pmeasyr_0.5.1.tar.gz(r-4.7-any)pmeasyr_0.5.1.tar.gz(r-4.6-any)
pmeasyr_0.5.1.tgz(r-4.6-emscripten)
manual.pdf |manual.html✨
DESCRIPTION |NEWS
card.svg |card.png
pmeasyr/json (API)

# Install 'pmeasyr' in R:
install.packages('pmeasyr', repos = c('https://guillaumepressiat.r-universe.dev', 'https://cloud.r-project.org'))

Bug tracker:https://github.com/guillaumepressiat/pmeasyr/issues

Datasets:

On CRAN:

Conda:

hadmcopmsipsyssr

6.84 score 22 stars 50 scripts 88 exports 57 dependencies

Last updated from:17e5b7acdc. Checks:7 WARNING, 2 OK. Indexed: yes.

TargetResultTimeFilesSyslog
linux-devel-x86_64WARNING172
source / vignettesOK196
linux-release-x86_64WARNING150
macos-release-arm64WARNING118
macos-oldrel-arm64WARNING91
windows-develWARNING130
windows-releaseWARNING109
windows-oldrelWARNING110
wasm-releaseOK120

Exports:adeleteadezipadezip2adezip3ana_r_ca_gestes_marqueursana_r_ghm_ambu_dmsastatcollect_rsa_from_dbcreer_jsondb_generiquedb_had_outdb_liste_tablesdb_mco_indb_mco_outdb_psy_outdb_rsf_outdb_ssr_outdicoenrobeurepmsi_mco_raeepmsi_mco_ravepmsi_mco_rav_rumepmsi_mco_rav2epmsi_mco_svepmsi_mco_vmed_fiano_hadiano_mcoiano_psyiano_rafaeliano_ssridiapidmi_mcoiiumiium_correspiium_ssriivg_mcoileg_hadileg_mcoileg_ssrimed_hadimed_mcoimed_ssrinner_traipieipoir3airaairafaelirapssirhairhsirpsirpsairsairsfirumisrpsaissrhaitpt_mcoitralabeleasierlancer_requetelancer_requete_dbnoyau_pmeasyrnoyau_skeletonparse_noms_fichiersprepare_rsarenomme_fichierrequeterequete_dbselectionne_archiveselectionne_fichierstbl_hadtbl_mcotbl_psytbl_rsftbl_ssrtdiagvvr_ano_mcovvr_ghs_suppvvr_had_ghtvvr_libelles_valovvr_mcovvr_mco_svvvr_rsavvr_rsa_hors_periodevvr_rumvvr_rum_check_rubriques_rav

Dependencies:bitbit64blobcachemchronclicliprcpp11crayondatawizardDBIdplyrevaluatefarverfastmapforcatsgenericsgluegsubfnhighrhmsinsightjsonliteknitrlabelinglifecyclelubridatemagrittrmemoisepillarpkgconfigprettyunitsprogressprotopurrrR6RColorBrewerreadrrlangRSQLitescalessjlabelledsqldfstringistringrtibbletidyrtidyselecttimechangetzdbutf8vctrsviridisLitevroomwithrxfunyaml

Valoriser les rsa
Préparer les tables nécessaires | Import avec pmeasyr et noyau | Collecte des données depuis une db | Récupérer les tarifs GHS et suppléments | Traitement des RSA transmis hors période (voir tableau RTP) | Cas d'une valorisation base + Extrême haut - Extrême bas | Cas d'une valorisation base + Extrême haut - Extrême bas + suppléments | Générer des tableaux type epmsi pour comparaison avec les valo officielles | Types de vidhosp | Séjours valorisés | Récapitulation activité - valorisation | Connaître en détail la valorisation des séjours | Remarques sur le mécanisme de valorisation
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Last update: 2024-04-22
Started: 2018-06-12

Valoriser les rum
Préparer les tables nécessaires
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Last update: 2020-02-02
Started: 2020-02-02

pmeasyr
1 - Gestion des archives in / out des logiciels ATIH | adezip : dezipper | adelete : effacer | astat : editer des statistiques | 2 - Importer | Champ MCO | RSA | RUM | Colonnes stream | TRA | Champ HAD, SSR, PSY et RSF | HAD | SSR | PSY | RSF | Dico | Labels | Tidy diagnostics | 3 - Exemples de requetes | Nombre de rsa avec un acte | Nombre de rsa avec un diagnostic | 4 - Help | 5 - Format des donnees
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Last update: 2020-02-01
Started: 2018-06-12

Analyses de l'activité
1 - Chirurgie ambulatoire : 55 gestes marqueurs | 2 - Chirurgie ambulatoire : GHM C et 7 racines
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Last update: 2020-02-01
Started: 2020-02-01

Vers la database avec pmeasyr
0 - Definir l'objet de connexion a la db | 0.1 - Connexion à une db MonetDBLite | 0.2 - Connexion à une db SQLite | 0.3 - Connexion à une db PostgreSQL | 1 - Definir le noyau de parametres pmeasyr | 2 - Integrer les tables pmsi dans la db a laquelle on est connecte | MCO | RSF | Table par table | 3 - Connections Tab dans RStudio
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Last update: 2017-10-17
Started: 2017-09-16

Flux d'import avec pmeasyr
1 - Definir un noyau de parametres | 2 - Dezipper | 3 - Importer | Syntaxe explicite | Importer plusieurs annees avec une boucle | Appel de fonctions | 4 - Sauvegarde (~ library Rds) | 5 - Effacer | 6 - Relire les tables sauvegardees en rds
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Last update: 2017-09-15
Started: 2017-03-07

Readme and manuals

Help Manual

Help pageTopics
~ *.zip - Suppression des fichiers en fin de traitementadelete
~ *.zip - Identifie et dezippe des fichiers de l'archive PMSIadezip adezip.default adezip.pm_param
~ *.zip - Dezippe des fichiers de l'archive PMSI, avec en parametre le nom de l'archiveadezip2
~ *.zip - Dezippe des fichiers de l'archive PMSI en provenance de l'Intranet AP-HP, avec en parametre le nom de l'archiveadezip3
~ ANA - Chirurgie ambulatoire : 55 gestes marqueursana_r_ca_gestes_marqueurs
~ ANA - Analyse des taux ambulatoires et DMS sur un périmètre GHM à définirana_r_ghm_ambu_dms
~ *.zip - Liste et volume des fichiers d'une archive PMSIastat
~ req : collecter les rsa présents dans une dbcollect_rsa_from_db
~ req : creer un json pour partager une listecreer_json
~ db - Copier un tibble dans une dbdb_generique
~ db - Copier les rapss dans une dbdb_had_out
~ db - Lister les tables d'une db en tableaudb_liste_tables
~ db - Copier les rum dans une dbdb_mco_in
~ db - Copier les rsa dans une dbdb_mco_out
~ db - Copier les rpsa dans une dbdb_psy_out
~ db - Copier les rsf dans une dbdb_rsf_out
~ db - Copier les rha dans une dbdb_ssr_out
~ Dico - Dictionnaire des tablesdico
~ req : mise en forme d'une liste de codesenrobeur
~ VVR - Reproduire le tableau RAEepmsi_mco_rae
~ VVR - Reproduire le tableau RAVepmsi_mco_rav
~ VVR - Synthese des rubriques de valo apres valo des RUMepmsi_mco_rav_rum
~ VVR - Reproduire le tableau RAV (works)epmsi_mco_rav2
~ VVR - Reproduire le tableau SVepmsi_mco_sv
~ MCO - Comprendre le tableau epmsi 1.V.2.VMED - Fepmsi_mco_vmed_f
Table des formatsformats
~ HAD - Import des Anohospiano_had
~ MCO - Import des Anohospiano_mco
~ PSY - Import des Anohospiano_psy
~ RSF - Import des Anohosp RSFAiano_rafael
~ SSR - Import des Anohospiano_ssr
~ MCO - Import des DIAPidiap
~ MCO - Import des DMIidmi_mco
~ MCO - Import des donnees UM du Outiium
~ MCO - Import des donnees correspondances d'UM du Outiium_corresp
~ SSR - Import des donnees UM du Outiium_ssr
~ MCO - Import des IVGiivg_mco
~ HAD - Import des erreurs Legileg_had
~ MCO - Import des erreurs Legileg_mco
~ SSR - Import des erreurs Legileg_ssr
~ HAD - Import des Medimed_had
~ MCO - Import des Medimed_mco
~ SSR - Import des Medimed_ssr
~ TRA - Ajout du TRA aux donnees Outinner_tra
~ MCO - Import des PIEipie
~ MCO - Import des POipo
~ PSY - Import des R3Air3a
~ PSY - Import des raairaa
~ RSF - Import des Rafaelirafael
~ HAD - Import des RAPSSirapss
~ SSR - Import des RHAirha
~ SSR - Import des RHSirhs
~ PSY - Import des RPSirps
~ PSY - Import des RPSAirpsa
~ MCO - Import des RSAirsa
~ RSF - Import des RSFirsf
~ MCO - Import des RUMirum
~ PSY - Import des SRPSAisrpsa
~ SSR - Import des SSRHAissrha
~ MCO - Import des transports (TPT)itpt_mco
~ TRA - Import du TRAitra
~ Labels pour le PMSIlabeleasier
~ req : lancer une ou plusieurs requetes avec une ou des listeslancer_requete
~ req : lancer une ou plusieurs requetes dans une db avec une ou des listeslancer_requete_db
~ par - Noyau de parametresnoyau_pmeasyr print.pm_param
~ par - Noyau de parametresnoyau_skeleton
~ req : preparer les rsa pour la requeteprepare_rsa
Renommer un fichier au format standardisérenomme_fichier
~ req : requeter les rsa avec une listerequete
~ req : requeter les rsa dans une db avec une listerequete_db
~ db - remote access aux tables hadtbl_had
~ db - remote access aux tables mcotbl_mco
~ db - remote access aux tables psytbl_psy
~ db - remote access aux tables rsftbl_rsf
~ db - remote access aux tables ssrtbl_ssr
~ Tidy - Tidy Diagnosticstdiag
~ VVR - preparer les ano pour valoriser les rsavvr_ano_mco
~ VVR - Attribuer les recettes GHS et suppléments sur des rsavvr_ghs_supp
~ VVR - Attribuer les recettes GHT sur des rapssvvr_had_ght
~ VVR - Libelles des rubriques de valorisation et de types de rsavvr_libelles_valo
~ VVR - Croiser parties GHS / supplements et anovvr_mco
~ VVR - Attribuer le caractere facturable par cle_rsavvr_mco_sv
~ VVR - preparer les rsa pour la valorisationvvr_rsa
~ VVR - Forcer le groupage des RSA hors période en erreurvvr_rsa_hors_periode
~ VVR - Distribuer la valorisation des rsa au niveau des rum ou des passages UMvvr_rum
~ VVR - Confronter la valo rum a la valo rsa par rubrique epmsivvr_rum_check_rubriques_rav